建筑市场信用缺失。目前，建筑市场信用体系尚未建立。一方面，监管机构无法及时发现投标人的违法违约行为，这使得投标人存有违法行为不被发现的侥幸心理；另一方面，代理机构和投标人的违法行为对其跨地区进行招标投标影响很小，违法成本过低。
现有法规体系存在弹性空间。目前，建筑工程招投标依据的法律、法规有些条款规定由于缺少相应的实施细则和具体标准，在实际工作当中很难做到准确把握。
交易各方主体尚未成为实质上独立运作的市场主体。在现有体制下，项目业主实质上是各级政府的代理人。项目业主的价值取向与掌握的权力，决定着招标代理人有时仅是按照业主的意愿帮助业主完成符合法规程序的招投标运作，使业主倾向的中标人合法化。
评标时间不科学，时间较短，难以保证评标结果的科学和客观。每项工程都有较多的投标文件，而评审时间一般都是一天，不分工程规模、项目性质等，也不考虑投标人数量。而且，评标时间是招标人的权力范围内的事情，法律法规对于招标人确定评标时间问题缺乏强制性规定。
缺乏对评标专家的有效监督机制。评标专家违法成本低、收益大，现有法规虽有对评标委员会及其成员进行处罚的有关规定，但认定很难，责任过轻，对有关违规专家只能采取不能参与评标、从专家库中予以清除的处罚。部分评标专家不讲职业道德、缺乏个人信用，不能做到依照法律和招标文件的规定公正合理、认真负责地评标，对有些投诉中反映的问题，专家评标时根本未予考虑。
行政主管部门监管招投标工作存在难点。行政主管部门目前主要依靠《招标投标法》、《建筑法》及有关部令和地方法规等监督招投标工作，但在实际工作中缺乏实施细则，特别是法律规定的歧视性条款等较难把握，导致行政自由裁量权过大，极易发生越位和缺位行为，也给招标人、招标代理人“暗箱操作”提供可乘之机。